自然系防蟻剤とは、天然素材から作られた防蟻剤のこと。
例としては、沖縄のショウガ科の月桃から作られた薬剤には、シロアリを寄せつけない非常に高い忌避効果あります。
また木酢液（炭を作る際に出る煙を冷却したもの）やヒバ油（青森ヒバを水蒸気蒸留して作った精油）なども高い忌避効果が期待できます。
しかし、人体への安全性が高いといわれる自然系防蟻剤でも、原料によってはアレルギー症状が出る場合もあるので、サンプルでアレルギー反応の確認をする必要があります。